Almanya’nın Nürnberg kentinde 18 Nisan 1974 tarihinde doğan ve 1984 senesine kadar bu şehirde yaşamış olan Sertan Eser, futbola 1991 yılında 3. Lig ekiplerinden Antalya Köy Hizmetleri Spor’da başladı. Burada bir sezon genç yaşına rağmen oldukça başarılı performans gösterdikten sonra memleketinin futbol takımı olan Konyaspor ile profesyonelliğe geçiş mukavelesi imzaladı ve Konyaspor’daki ilk sezonundan itibaren gösterdiği futbolla büyük takımların dikkatini çekmeye başladı. Neticesinde Beşiktaş’ın teknik direktörü Christoph Daum Konyaspor’un birkaç 1. Lig maçını izlemesinin ardından Sertan’ı çok beğenerek Almanya millî futbol takımının ünlü oyuncusu Pierre Littbarski’ye benzetti ve Sertan’ı ısrarla kendi takımında görmek istediğini belirtti. Bunun üzerine Sertan Eser o dönem alışık olunmayan yüksek bir transfer ücretiyle Beşiktaş transfer oldu. Beşiktaş’ta düzenli oynama fırsatı bulsa da beklenenin altında kaldı ve üç sezon Beşiktaş’ta oynadıktan sonra birer sezonda kiralık olarak Adanaspor, Yozgatspor ve Sakaryaspor’da oynadıktan sonra, 1999-2000 ve 2000-2001 sezonlarında kiralık olarak İstanbulspor’umuzda oynadı. Bu süre içinde 57 maçta 25 gol atma başarısı gösterdi. Kariyerindeki gösterdiği en iyi performanslardan birini İstanbulspor’da gösterince Beşiktaş’tan hemen geri çağrıldı.
Beşiktaş’a geri dönse de takımda yer bulamadı ve neticesinde 2002 yılında Beşiktaş’la sözleşmesini karşılıklı feshedip Malatyaspor’a transfer oldu. Daha sonralar Bursaspor, Diyarbakırspor, Gençlerbirliği, tekrar Malatyaspor, İstanbul Büyükşehir Belediyespor ve Kasımpaşa oynadı. Son olarak 2009-2010 sezonunun ilk haftalarında transfer olduğu Sakaryaspor’da oynadı. 2010-2011 sezonunun devre arasında futbola veda ettiği açıklayarak Sakaryaspor’dan ayrıldı.
Eser 9 kez Türkiye U-21 millî futbol takımı formasını giydi ve bu müsabakalarda 2 gol kaydetti.
Sertan Eser’e sağlık dolu mutlu bir yaşam dileriz.